日本在新学习指导要领(教学大纲)解说书中首次写入日韩双方均主张对其拥有主权的独岛(日本称竹岛)一事正在给由两国学者参加的“第二次日韩历史共同研究”带来严重影响。独岛问题将与“殖民统治的历史认识问题”并列成为双方难以达成妥协的对立点，韩方摆出了强烈要求得出“结论”的姿态，汇总意见必将成为一大难题。

共同社报道，日本首相福田康夫4月在东京与韩国总统李明博举行了首脑会谈，认为第二次日韩历史共同研究“进展顺利”。但是，原本应像日本外务省声称的那样“加强双方的共通历史认识”的共同研究可能存在扩大日韩分歧的危险。

6月上旬在东京都内召开的全体会议上，探究课题被设定为“古代史”、“中近代史”、“近现代史”三个小组和“教科书小组”。在此基础上，日韩双方围绕独岛问题和历史认识问题这两个焦点，展开了激烈地争论。

会后的记者会上，日方委员就独岛问题表示“讨论很热烈，但并不准备将其作为此次共同研究的课题”；对此，韩方委员则强调“希望通过第二次共同研究，提出有关研究成果”。双方所采取的姿态存在分歧的状况一目了然。

由于日本在解说书中写入了独岛，韩方的目标是在第二次共同研究的《报告书》中明确写入“独岛即独岛，是韩国的领土”。日方有关人士担心地表示：“在共同研究中解决独岛主权问题是不可能的。不过，韩方目前的情况是：完全不会认同类似‘关于主权存在争议’这样的含糊性表述”。

不过，下次全体会议预定于11月29日在首尔举行，现在离开会还有3个月左右。日方正在期望在这段时间内，局势会逐渐平静下来。